Atestado médico

Uma funcionária de Call-center no mês 11/2013 apresentou atestados médicos de 11 dias no mês 12/2013 de 11 dias e no mês 01/2014 3 dias, a empresa pagou normalmente os meses de Novembro e Dezembro porém no mês 01/2014 apesar de ter recebido os atestados não abonou as faltas, questionado o RH alega que enviou os atestados à Matriz da Empresa para análise e assim a colaboradora encontra se com faltas e certamente terá os dias descontados seu salário do mês 01/2014, como preceder nesse caso, a Empresa tem esse direito de não acatar os atestados?